As flores das orquídeas são consideradas das mais avançadas e complexas de todo reino vegetal. São perfeitamente zigomórficas (com um só plano de simetria), mas também existem orquídeas com flores assimétricas (Ex: Ludisia, Mormodes). Seja qual for o caso, e mesmo com todas as formas e feitios existentes, todas as flores seguem um padrão e regra básicos, o que as torna inconfundíveis. As flores são constituídas por 2 verticilos e pelas estruturas reprodutoras. O verticilo exterior apresenta 3 sépalas petalóides e estas alternam com o verticilo interior, o qual ostenta as 3 verdadeiras pétalas, sendo uma delas bastante modificada e formando uma outra estrutura que se designa labelo. Este é bastante conspícuo, e pode apresentar as mais diversas formas (tubular, plano, em forma de saco…). Pode também ser articulado, e geralmente tem uma função crucial na polinização da flor. Existem contudo alguns géneros em que o labelo e/ou as pétalas estão muito reduzidos (Ex: Masdevallia, Disa), sendo as sépalas petalóides as estruturas mais salientes e atractivas.

A coluna (também designada gimnostémio) é a parte reprodutora da flor. Nela estão fundidas as partes masculina (estame) e feminina (carpelo). Muitas orquídeas só possuem um estame fértil (contudo as subfamílias mais arcaicas Cypripedioideae e Apostasioideae apresentam dois e três estames férteis respectivamente). O pólen produzido pelo estame está condensado em estruturas chamadas polinídias. Normalmente só existem duas, mas o seu número pode variar até 8. Das polinídias sai um prolongamento (o caudículo) que se liga a um pequeno órgão pegajoso (o retináculo) cuja principal função é a aderência ao polinizador. Toda esta estrutura está condensada na zona anterior da coluna e protegida por uma cápsula (a caliptra) que a protege. O estigma apresenta-se mais posteriormente e é extremamente pegajoso. Forma uma concavidade onde as polinídias são depositadas. Entre o estigma e o estame existe um outro órgão (o rostelo). Este evita a auto fecundação e é responsável muitas vezes pela remoção das polinídias do polinizador.

O ovário é trilocular, ínfero e muitas vezes sofre uma torção de 180º durante o seu desenvolvimento o que faz com que a flor fique ao contrário (consequentemente o labelo também fica virado para baixo, permitindo assim facilitar a aterragem do polinizador). Designam-se ressupinadas as flores que sofrem este tipo de desenvolvimento. Se houver polinização, o ovário incha (processo esse que pode demorar entre meras semanas e largos meses) e chegada a altura da maturação, liberta as sementes que são excepcionalmente minúsculas e necessitam de estabelecer uma relação simbiótica com um fungo no início das suas vidas para que germinem.

Michael Benedito